1447’de doğmuştur. Babası Fatih Sultan Mehmet’tir. Annesi Gülbahar Hatun’dur. Barışçıl bir yapısı vardı. Sarayda iyi bir eğitim görmüştür. İlk görevini Amasya Sancak Beyi olarak yapmıştır. 2. Bayezid, yeniçeriler tarafından çok sevilirdi. Tahta geçmesi de yeniçeriler tarafından olmuştur. Babası varis olarak Cem Sultan’ı göstermişti. Ancak babasının ölüm haberi Cem Sultan’a ulaşmadan 2. Bayezid tahta oturdu.

1481 yılında tahta geçen 2. Bayezid, kardeşi ile taht kavgasına başladı. Kavga bir süre sonra savaşa dönüştü. İki kardeşin orduları birbirine girdi. Bayezid, bu savaştan galip olarak çıktı. Ancak Cem Sultan kaçmayı başardı. Papaya sığınan Cem Sultan, Osmanlı Devleti’nin Batıya olan seferlerini kesmese de yavaşlattı. Papa, her zaman Cem Sultan’ı bir tehtit olarak kullandı. Cem Sultan’ı esir tutması karşılığında Osmanlı Devletinden fidye alıyordu.

Cem Sultan, ömrü boyunca Papanın elinde esir olarak kalmıştır ve orada da ölmüştür. Hayatının son zamanlarına doğru kardeşine karşı giriştiği taht mücadelesinden dolayı pişman olmuştur. Cem Sultan öldükten sonra Batı’ya olan seferlere hız verildi. Venedik’e seferler düzenlendi. Venedik’in isteği üzerine barış yapıldı ve Venedik haraca bağlandı. İnebahtı, Koran, Dıraç, Navarin ve Modan ele geçirildi. Memlüklerle de savaşlar yapıldı ancak bu savaşlarda kazanan taraf olmadı. Savaşlar 1491 yılına kadar sürdü.

Bayezid, 1511 yılında başlayan Şah İsmail ayaklanması ile de başa çıkmaya çalıştı. Ayaklanmayı başlatan kişi Şah İsmail’dir. Şah İsmail’in amacı Anadolu’da Şiilik’i yaymaktı. Osmanlı ordusunu yenen ayaklanmacılar, Kütahya’yı ele geçirmeyi başardı. Ayaklanmayı Sadrazam Hadım Ali Paşa bastırabildi.

Oğulları arasında taht kavgaları çıkmaya başladı. Kendisini tahta çıkaran yeniçeriler tarafından tahttan indirildi. Yerine oğlu Yavuz Sultan Selim geçti. 1512’de hastalanarak vefat etti.

Bilim ve sanata önem vermiştir. Bilim adamları ve sanatçılara destek olmuş ve onlarla her zaman sohbet etmiştir. Okumaya ve ibadet etmeye bolca zaman ayırırdı. Üç dil biliyordu. Hat sanatında kendisini geliştirmiş ve öğrenci de yetiştirmiştir. Mimarlığa özellikle önem verirdi. Tahttan indirilen ilk padişah olmuştur.