4. Mustafa, 8 Eylül 1779 tarihinde İstanbul’da dünyaya geldi. Babası 1. Abdülhamid, annesi isse Nükeseza Kadın Sultan’dır. Şehzadeliği sırasında tahtta amcası 3. Selim oturmaktaydı. Şehzade Mustafa, Kabakçı Mustafa İsyanı sırasında gizlice isyancıları desteklemiştir. İsyancılar da 3. Selim’i tahttan indirdiler ve yerine 29 Mayıs 1807 tarihinde 4. Mustafa’yı tahta çıkardılar. 4. Mustafa, 29. Osmanlı padişahı ve 108. İslam halifesidir. Hükümdarlık süresi çok kısa sürmüştür. Sadece 1 yıl 2 ay tahtta oturabilmiştir.

İsyancılar zamanla devletin içine kadar sokuldular ve önemli mevkilere tanıdıklarını yerleştirdiler. Bu sayede hem Sultan Mustafa’nın, hem de Osmanlı’nın kontrolünü ellerine aldılar. Her dedikleri yapılır hale gelindi. İstanbul’da karışıklıklar ortaya çıktı. Karışıklığı çözmesi için Alemdar Mustafa Paşa’dan yardım istendi. Alemdar Mustafa Paşa, ordusu ile yardıma geldi ve İstanbul’da tekrardan huzur ortamını sağladı.

Alemdar Mustafa Paşa, Sultan Mustafa’dan hiç memnun değildi. Tahta yeniden 3. Selim’i oturtmak istiyordu. Bunun için de ordusu ile beraber bir gece Bab-ı Ali’ye baskın yaptı. Ancak 3. Selim’i tekrardan tahta oturtulmak istendiğini anlayan 4. Mustafa, hemen amcası 3. Selim’i idam ettirdi. 3. Selim’i öldürtmesi, 4. Mustafa’nın tahttan indirilmesine engel olamadı. Alemdar Mustafa Paşa, 4. Mustafa’yı tahttan indirdi ve yerine 28 Temmuz 1808 tarihinde 2. Mahmut’u tahta oturttu. 4. Mustafa da Topkapı Sarayı’na hapsedildi. Bir süre sonra da 17 Kasım 1808 tarihinde idam edildi. Türbesi İstanbul’da bulunmaktadır.